Boy’s Abyss, kırsal bir kasabada yaşayan Reiji Kurose’nin hikayesini anlatıyor. Reiji, hemşire olan annesi, kardeşi ve büyükanne ile birlikte yaşar. Çocukluk arkadaşı Sakuko Akiyama ile birlikte büyür. Bir gün, idol grubu Acrylic üyesi olan ve markette çalışan Nagi Aoe ile tanışır. Nagi, kasabada "Aşıkların Uçurumu" olarak bilinen ve çiftlerin intihar ettiği söylenen gizemli bir yer olduğunu söyler. Reiji ve Nagi burada intihar etmeye çalışırlar ama başarısız olurlar. Reiji, öğretmeni Yuri Shibasawa tarafından kurtarılır ve öğretmeni onu korumaya yemin eder. Manga, kasabanın sakin hayatı, gençlerin hayalleri ve karanlık sırlarıyla dolu bir dünyada geçerken; karakterlerin içsel çatışmaları, ilişkileri ve zorluklarla mücadeleleri üzerine odaklanır.