Under Ninja تدور أحداثها في عالم يعيش فيه النينجا سرًّا بين الناس. بعد الحرب الباسيفيكية، قامت قوات GHQ بتفكيك منظمة النينجا التي كانت مزدهرة في اليابان، لكن النينجا لم يختفوا، بل استمروا في العيش متخفيين، يعملون في الظل داخل القطاعات العامة والخاصة. يُقال إن هناك 200,000 نينجا يعيشون في اليابان اليوم، لكن فقط النخبة منهم يشاركون في الصراعات على مستوى الدولة، بينما يعاني البقية من البطالة. من بينهم كورو كوموغاكوري، نينجا شاب يعيش حياة خمول وعزلة. ذات يوم، يتلقى مهمة جادة من رؤسائه: التسلل إلى مدرسة ثانوية باستخدام أحدث المعدات. هكذا يبدأ كورو رحلة محفوفة بالأسرار والمهام الخطيرة، في توازن بين حياته الهادئة ومهاراته كنينجا محترف.